Szudán konfliktusai részben etnikai és vallási okokra is visszavezethetők, és erre alapot az szolgáltat, hogy igen szerencsétlenül, mesterségesen lett ez az állam megalkotva a gyarmati korban. Míg az ország északi államai döntően arabizált muszlimok (főleg a Nílus-völgyben és Kartúmban élnek nagy számban), addig délen inkább nem arab animista törzsi kultúrák, illetve keresztények élnek, akik más nyelven beszélnek.
Bár a britek eleinte észak és dél államait külön közigazgatási elemekként kormányozták, távozásuk előtt meghozták azt a felelőtlen döntést, hogy egyesítették az országot egy centralizált hatalom alatt. Az 1956-ban függetlenséget nyert ország központi kormányzása azóta sem veszi figyelembe Darfúr, Kordofán és más régiók különálló kulturális, történelmi és vallási identitását.
Ám a probléma legfőbb oka úgy tűnik, mégsem csak ez (a napokban intenzívebbé váló konfliktusban például elsősorban szunnita muszlimok ölik saját hittársaikat). A háború okai közül sosem szabad kihagyni a politikai és gazdasági indítékokat, márpedig Szudán ritkaföldfém-ásványai és hosszú vörös-tengeri partvonala valóságos kincsesbánya. Külföldi érdekeltségű vállalatok nyersanyagot, állatokat és egyéb erőforrásokat exportálnak, és így fokozatosan fosztják meg Szudánt nemzeti erőforrásaitól.