Bár annak idején Arafat saját orvosa, Dr. Ashraf al-Kurdi is elismerte, hogy páciensének vérében HIV-vírust találtak, rögtön hangsúlyozta, hogy nem ez okozta Arafat halálát. Néhányan azóta is sugárzó anyag okozta mérgezésre gyanakszanak. A közeljövőben a ramallahi Arafat-mauzóleum nyugalmának tudományos indítékú megzavarására kerül majd sor, a sírt ugyanis felnyitják. Arafat özvegye, a francia állampolgárságú Szuha indíttatta el azt a jogi procedúrát, melynek eredményeként hamarosan három francia vizsgálóbíró érkezik a városba. Felügyeletük alatt az elhunyt testéből vett mintákon végeznek majd toxinok kimutatására szolgáló méréseket.
Arafat testét ugyan eredetileg nem bocsátották az özvegy rendelkezésére, ám Szuha tavaly néhány személyes holmit küldött vizsgálatra egy svájci laboratóriumba. A Lausanne-i Sugárfizikai Intézet fehérneműt, fogkefét és hasonló tárgyakat vizsgálva polónium-210 nyomaira bukkant. Erről az al-Dzsazíra tudósított még júliusban. A vizsgálatokat végző intézet szóvivője szerint azonban az Arafat orvosi jelentéseiben leírt tünetek alapján nem lehet feltétlenül polónium okozta mérgezésre következtetni. Ez a rendkívül mérgező anyag nagyon ritka, leginkább katonai és tudományos körökben találkozni vele. 2006-ban ez okozta Londonban az orosz kém, Alexander Litvinyenkó halálát. A Kreml kritikusával teába elegyítve itatták meg a mérget.
Arafat élete utolsó két és fél évét virtuális fogolyként élte Ramallahban, egy elnöki bunker romjai alatt, kis helyen, 270 férfival összezárva, ahol sok esetben az oxigén- és ivóvízellátás sem volt megfelelő. Élelmiszer-utánpótláshoz is csak az izraeli hadsereg ellenőrzése után juthattak a bentlakók. Ez a tény és a svájci laboreredmények megfelelő jogi alapot biztosítottak az exhumálást igénylő vizsgálat elindításához.
A „fogolytábor” lakóinak diétája ugyan szűkös volt, de alapvetően egészséges. Ennek ellenére október közepén Arafat súlyosan megbetegedett. A hirtelen jött emésztőszervi tüneteket, valamint az arcbőrön jelentkező vörös foltokat a helyszínre hívott orvos nem volt képes kezelni. Állapotának gyors romlása után magas rangú izraeli vezetők szavatolták, hogy Arafatot egy Párizs melletti katonai kórházba biztonsággal átszállíthassák.
Tawfik Tirawi, a halál okát vizsgáló bizottság palesztin vezetője egyike azoknak, akik Arafattal összezárva töltötték az utolsó éveket. Ő szkeptikus a mérgezéselméletet illetően, noha Arafat után még néhányan gyanús körülmények között haltak meg a bunkerben. Elmondása szerint az egyszerre több mint száz adag élelmiszer kiosztása a romok által elzárt területen belül történt, ami arra utal, hogy palesztin kollaboráns is kellett volna a mérgezésekhez. Kintről nehéz lett volna eldönteni, melyik adag lesz Arafaté. A Guardiannek adott interjúban Tirawi ennek ellenére leszögezte: „Így vagy úgy, de az életkörülmények alakításával mindenképpen az izraeliek ölték meg Jasszer Arafatot.” A vizsgálat lefolytatását mindenesetre sűrgősnek látnák, hiszen a polónium gyors bomlása miatt egyre csökken az esély annak kimutatására. Úgy tűnik, hogy bármilyen eredmény születik, a mítosz s az Arafat-hatás tovább él.