A Baltic Sky Albániából indult útra még április 22-én, és a tunéziai Gabesz felé vette útját, ahol rakományát május 12-én vette fel. Ezek után továbbhajózott a Földközi-tengeren, ahol a Dardanellák közelében a török hatóságok figyeltek fel rá. A görög kormány bejelentés alapján kezdte el megfigyelni a járművet, majd néhány nappal ezelőtt rajtaütésszer? vizsgálatot tartott a hajón. Az Ukrajnából és Azerbajdzsánból származó hattagú személyzetet és a kapitányt őrizetbe vették, és robbanóanyagok illegális birtoklása és szállítása miatt vád alá helyezték.
A tunéziai szállító cég nyilatkozatban közölte, hogy szerződés alapján szállította a rakományt polgári felhasználás céljából a kartumi Integrated Chemicals and Development nev? cég részére. A tranzakciót a szudáni hatóságok jóváhagyták. A hajó papírjain az állt, hogy a járm? ammóniumnitrátot szállított, amelyet főként műtrágyaként használnak, de bányászatnál és építkezéseknél is alkalmazzák robbanószerként. A görög hatóságok szerint azonban a Baltic Sky TNT-t szállított, méghozzá olyan mennyiségben, amelynek ereje felér egy atombomba hatásával. A gyanút tovább növeli, hogy bár a hajó dokumentumai szerint a rakomány címzettje egy szudáni magáncég volt, a cím mégis egy postafióknak bizonyult. A hatóságok nem zárják ki, hogy a hajónak terrorista szervezetekhez is köze lehet, amit az is megerősít, hogy Szudánt az Egyesült Államok a terrorizmust szponzoráló országok között tartja számon. A NATO tengeri erői most húsz olyan gyanús hajót tartanak megfigyelés alatt, amelyek a hírszerzés szerint kapcsolatban állhatnak terrorista szervezetekkel.