XII. Pius utódjaként sokan a fiatal, ötvenkét éves Giuseppe Siri bíborost várták, aki keményvonalas antikommunistaként és megalkuvást nem ismerő konzervatívként folytathatta volna elődje irányvonalát. Nem így történt, és az 1958-as konklávé fordulatot hozott a pápaság modernkori történetében. Maga a pápaválasztás is különös módon zajlott. Az AP hírügynökség római tudósítója október 26-án, a konklávé második napján arról számolt be, hogy a Szent Péter teret betöltő kétszázezer zarándok és turista ujjongásban tört ki, amikor meglátta a Sixtus-kápolna kéményéből felszálló fehér füstöt.
Az örvendetes eseményről a Vatikáni Rádió is beszámolt. „Fehér füst szállt föl – közölte a riporter. – Semmi kétség sincs tehát: megválasztották az új pápát.” A palotaőrségnek és a svájci gárdának riadókészültséget rendeltek el. A testőröket gyülekezőre rendelték a laktanyából, majd arra kaptak parancsot, hogy vonuljanak a Szent Péter-bazilikába az egyházfő nevének kihirdetésére. Ezrek sereglettek az apostoli palota ablakai alá, várva, hogy az új pápa megjelenjen és áldásában részesítse híveit.
Az új pápa viszont késett az áldással, ezért a tömeg kezdett elbizonytalanodni, hogy nem is fehér, hanem inkább szürkésfekete füstöt látott. Estére a Vatikáni Rádió is helyesbített: bejelentették, hogy továbbra sincs eredmény és a konklávé másnap délelőtt tíz órakor folytatódik. A hírügynökségek a félreértést a hagyományos füstjelzés téves értelmezésének tulajdonították. Végül további két nap telt el, míg megszületett a hivatalos bejelentés arról, hogy meglepetésre Angelo Roncalli velencei pátriárkát választották meg a bíborosok. XXIII. János a pápai palota erkélyéről köszöntötte a hívőket, de a szokásoktól eltérően nem zárta le a konklávét, hanem azt kérte a bíborosoktól, hogy egy további napra maradjanak együtt, a külvilágtól elzárva. A tanácskozás témáját nem hozták nyilvánosságra.
Pápa, nem pápa
Már a pápaválasztás utáni napokban felröppent a hír, hogy a pápaválasztás a hivatalos bejelentéstől eltérően zajlott. Paul Williams volt FBI-szakértő A leleplezett Vatikán című könyvében a római amerikai nagykövetség titkosított táviratára hivatkozva azt állítja, hogy október 26-án, a harmadik szavazáson Giuseppe Siri bíboros elnyerte a szükséges mennyiségű szavazatot. A voksolást megismételték, és Siri a negyedik fordulóban is győzött. Ezt követően XVII. Gergely néven pápává is választották. Állítólag ezt jelezték a kápolna kéményéből felcsapó fehér füstpamacsok, de a bejelentés mégis elmaradt. Williams szerint a francia bíborosok kérték az eredmény semmissé tételét, mondván, a nyíltan antikommunista Siri megválasztása a hívők elleni üldöztetésekhez és újabb főpapok letartóztatásához vezethetne a kommunista blokk országaiban. (A konklávén két kelet-európai bíboros nem vehetett részt: Mindszenty József hercegprímás 1956 novemberében a szovjet megszállás elől a budapesti amerikai nagykövetségen keresett menedéket, míg Aloysius Stepinac zágrábi érseket a Tito-rezsim tartotta házi őrizetben.) Siri elfogadta a döntést és visszalépett. A konklávé titkát – ha volt ilyen – 1989-ben bekövetkezett haláláig megőrizte, és soha nem kérdőjelezte meg az 1958 után megválasztott pápák legitimitását.
Az amerikai szerző szerint a bíborosok ezt követően megegyeztek, hogy a helyzet megoldására az idős Federico Tedeschini bíboros személyében választanak „átmeneti pápát”, Tedeschini azonban túlságosan beteg volt, hogy elfogadja a felkérést. Végül a szavazások harmadik napján Roncalli megkapta a kellő támogatást, és XXIII. János néven a pápai trónra lépett. Néhány radikális katolikus csoport azonban nem fogadta el az eredményt, és bejelentette, hogy a pápai hivatalt betöltetlennek tekinti, és szakít „XXIII. János ellenpápával”. Más irányzatok – például az ultrakonzervatív Szent X. Piusz Papi Testvérület (lásd keretes írásunkat) – a XXIII. János által összehívott második vatikáni zsinat után vetették fel azt, hogy a jelentős reformokat kezdeményező pápa megválasztása nem szabályosan történt.