Csehország erős embere, Václav Klaus, aki a tagállamok vezető politikusai közül a legtovább állt ellene a Lisszaboni Szerződés ratifikálásának, végül hatalmas nyomásra a legutóbbi Európai Tanács-ülésen beadta a derekát. A megegyezésnek egy kompromisszum volt az ára, amivel Klaus méltóságteljesen vonulhatott vissza. A cseh elnök ugyanis utolsó fenntartásként a néhai Benes-dekrétumokra hivatkozó passzust akart beszerkesztetni a Lisszaboni Szerződésbe, attól tartva, hogy a dekrétumok által a kollektív bűnösség elve alapján kisemmizett szudétanémetek, illetve leszármazottaik kárpótlást követelhetnek.
Magyarország a dekrétumok említését is elfogadhatatlannak tartotta a Lisszaboni Szerződésben. Csehország végül mentességet kapott a szerződés részeként szereplő Alapjogi Charta alól, ami alapján Klaus szerint Csehországot kártérítésre kötelezhették volna. A magyar álláspont döntő volt abban a tekintetben, hogy a Benes-dekrétumok említésre se kerüljenek a Lisszaboni Szerződésben. Bajnai Gordon emlékeztetett, hogy a Benes-dekrétumok következtében százezer magyar veszítette el igazságtalanul vagyonát. Bajnai az eredményt így értékelte: „Sikerrel érvényesítettük a magyar érdekeket. Sikerült világossá tenni, hogy a Benes-dekrétumok, az Alapjogi Charta és a Lisszaboni Szerződés között semmiféle összefüggés nincs."
Ezzel elhárult az utolsó akadály is az unió reformjának nevezett szerződés előtt, ami egy új fejezetet nyit az európai integráció történetében. Először lesz az unió vezető szerveként működő Európai Tanácsnak állandó elnöke, akit két és fél évre választanak a tagállamok, valamint az EU külügyi főképviselőjeként egy kvázi külügyminisztert jelölnek ki. Megkezdődik a trió elnökségek korszaka, ami azt jelenti, hogy egy-egy tagállam már nem fél, hanem másfél évig, két másik országgal összehangoltan, bár továbbra is egymást váltva elnököl. Éppen a spanyol- belga-magyar közös elnökség debütál első trióként 2010. január elsejétől. A döntéshozatali mechanizmusban megnő a parlament szerepe is, amivel az európai polgárokat szeretnék közelebb hozni az unió intézményrendszeréhez, de félő, hogy a gyakorlatban ez inkább bonyolítani és lassítani fogja a működést.