A régebbi szakirodalomban és néha még napjainkban is egyes újságcikkekben fel-felbukkan az az állítás, hogy ezen az értekezleten döntötték volna el a náci vezetők, hogy valamennyi európai zsidót legyilkolják. A valóságban, mint ezt a konferencia jegyzőkönyvét ismerők jól tudják, Heydrichék már egy előzetesen Hitler által meghozott döntés gyakorlati kivitelezésének módozatairól beszélgettek, olykor vitáztak, a szemtanú és az értekezlet jegyzőkönyvét végül megszerkesztő Adolf Eichmann 1961-es jeruzsálemi perében tett tanúvallomása szerint oldott, bajtársias légkörben.
Amikor a tizenöt náci vezető, valamint a jegyzőkönyvben nem feltüntetett gyorsíró a tanácskozóasztalhoz Wannseeben leült, már jó fél éve ölték a zsidókat a megszállt szovjet területeken a náci Einsatzgruppe-egységek és a velük együttműködő német tartalékos rendőri osztagok, a kollaboráns lett, litván, ukrán segédcsapatok stb. tagjai. Szerbiában a Wehrmacht ezrével gyilkolta a zsidó férfiakat, úgymond megtorlásul a partizánok akcióiért.
Hitler valamikor 1941 szeptemberében vagy október elején adhatott parancsot arra, hogy az európai zsidókat lemészárolják. Bizonyos, hogy a döntés még október 23-a előtt megszületett, mert ezen a napon Heinrich Müller (maga is a Wannsee Konferencia résztvevője) Heinrich Himmler birodalmi SS-vezető parancsára hivatkozva megtiltotta a zsidók kivándorlását Németországból, illetve a német csapatok által megszállt területekről. Azt minden illetékes náci vezető jól tudta, hogy a Führer végső célja a „zsidómentes" Nagynémet Birodalom. Ha a zsidók nem vándorolhatnak ki, akkor ki kell őket telepíteni.