A lelkiismereti és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról szóló törvényjavaslat preambulumát a Jobbik és az LMP is kiegészítette neki szimpatikus megjegyzésekkel. A szélsőjobb erő azon törekvését, hogy a bevezető szöveg ismerje el a „külhoni magyar közösségek életében meghatározó szerepet játszó egyházak és vallási közösségek tevékenységét is" a kormányoldal is akceptálta, ahogyan az „ország" mellett a „nemzet" életében is elismerik az egyházak kiemelkedő szerepét. Az LMP ugyanide azt tartotta fontosnak betűzni, hogy az egyházak egyéb tevékenységeik mellett a környezetvédelem terén is jelentős szerepet töltenek be az ország (és a nemzet) életében.
A kormánypárti módosítók többsége érthető okokból kiállta a bizottsági és a parlamenti rostát is. Így szűkülhetett tovább az egyház törvényi definíciójában az azonos hitelveket valló természetes személyek köre a „cselekvőképes, magyarországi lakóhellyel rendelkező" személyekre, akik „vallásuk gyakorlása céljából egyházat hozhatnak létre". És kormánypárti javaslatra finomodott az állam és egyház viszonyát taglaló bekezdés is annyiban, hogy az egyházak egyenlőkként való kezelése alól csak a társadalmi szerepükhöz kapcsolódó jogszabályok megalkotásánál lehet kivételt tenni, „tényleges társadalmi szerepük" és az „általuk ellátott közcélú tevékenység" alapján.
Az egyházak bejegyzésével kapcsolatos legfontosabb módosítást az eredeti szövegvariánshoz képest az LMP és a kormányoldal kezdeményezte. Ennek értelmében a bíróság számára nem kötelező, hanem szabadon választható - ahogyan elméletileg eddig is - a vallási tevékenység megállapítására alkalmas szakértő kirendelése, ugyanakkor az illető személyek nem lehetnek „egyház vagy egyházi jogi személy ügyintéző és képviseleti szervének tagjai". A rájuk vonatkozó képesítési követelményeket, szükséges szakmai gyakorlatot az illetékes miniszter rendeletben állapítja meg. A Jobbik elképzelése e ponton is találkozott az előterjesztőkével, ugyanis a bejegyzéssel foglalkozó paragrafusok része lett az is, hogy „nem jegyezhető be egyházként olyan közösség, amellyel szemben működése során az illetékes állami szerv nemzetbiztonsági kockázatot állapított meg".