1956 november 4-én Nagy Imre miniszterelnök rádióbeszédben tájékoztatta a közvéleményt a szovjet támadásról. Legközelebbi elvbarátaival a jugoszláv követségre menekült, és politikai menedékjogot kért. November 22-én a magyar kormány bántatlansági ígéretében bízva Nagy és társai lemondtak a menedékjogról, és elhagyták a jugoszláv követséget.
A szovjet csapatok azonnal őrizetbe vették őket. Másnap Nagyot és társait Romániába deportálták, ahol fogva tartották őket.
1957 márciusában Kádár János Moszkvában az SZKP vezetőivel megállapodott Nagy bíróság elé állításáról. 1957. augusztus 26-án Biszku Béla belügyminiszter Moszkvában Andropovval, az SZKP KB osztályvezetőjével és más szovjet vezetőkkel egyeztette a Nagy Imre-per vádiratát és az ítéleteket.
A per első tárgyalását 1958. február 6-án tartották, de ezt félbeszakították, mert a vádlottak nem ismerték el bűnösségüket. A második tárgyalás június 9-én kezdődött.
A Magyar Népköztársaság Legfelsőbb Bíróság Népbírósági Tanácsa eredetileg tíz személy ellen indított büntetőeljárást. Mivel Losonczy Géza vádlott a vizsgálati fogságban „kényszertáplálás következtében” 1957. december 21-én meghalt, kilenc személy ügyében mondták ki az ítéletet. Ám a kilenc közül is kiemelték Szilágyi Józsefet, Nagy Imre titkárságvezetőjét, – mert „kezelhetetlenül viselkedett” – így az ő perét áprilisban folytatták le.
1958. április 16-án pere első perceiben Szilágyi kijelentette, nyilvános tárgyalást kér, mert csak így látja biztosíthatónak a pártatlan ítélethozatalt:
„A vád indítványával ellentétben én nyilvános tárgyalás megtartását kérem. Indokom a következő: a jelenleg hatalmon lévő kormány politikai ellenfeleként kerültem a vádlottak padjára. Az e csoportban bíróság elé állítottak közül öt, már tudniillik, akik a múltkor velem együtt voltak, Nagy Imre, Donáth, Jánosi, Vásárhelyi és én, rajtunk kívül pedig még négy vádlottal kapcsolatban a kormány megengedhetetlen eszközöket vett igénybe. Saját maga által kötött nemzetközi egyezményben vállalt kötelezettségét, azt tudniillik, hogy a jugoszláv követségről sértetlenül hazaszállíttat bennünket lakásainkra, súlyosan megsértve, családtagjainkkal együtt Romániába deportáltatott bennünket. Feleségeinket, egytől tizenegy éves korú gyermekeinket immár 17. hónapja deportációban tartja. Ez az alkotmány és a fennálló törvények példátlanul súlyos megsértése.”
Kádárt, Münnichet és Aprót a vádlottak padjára!
Szilágyi következő érve a nyilvános tárgyalás mellett az volt, hogy a Kádár-kormány annak ellenére tartóztatta le őket, hogy korábban megígérte: az 1956. november 4-e előtti cselekményeikért semmiféle eljárást nem indít ellenük.
Vida Ferencről, a népbíróság elnökéről leperegtek Szilágyi érvei, és szinte gondolkodási idő nélkül elrendelte a zárt tárgyalást, illetve a közlési tilalmat: „Tehát ami itt történik, azt közölni se szabad senkivel” – mondta az elnök unott hangon, ám mégis előrelátón, mert mintha tudta volna, hogy Szilágyi hamarosan kényes kérdéseket fog felvetni. A per negyedik órájában ugyanis ezt mondta a vádlott: „Ezekben az eseményekben velünk együtt, velünk teljesen egyetértve, ellenkezésüket soha semmilyen formában ki nem nyilvánítva részt vettek még más emberek is, elsősorban Kádár János, Münnich Ferenc és Apró Antal
”
Vida itt félbeszakította Szilágyit, és jogi okfejtésbe kezdett arról, hogy a vádemelés nem a bíróság, hanem az ügyészség feladata, és ez így működik a kapitalista országokban is. A jogász végzettségű Szilágyi azonban nem hagyta ennyiben a kérdést: „Én úgy tudom az én jogi tanulmányaimból, hogy bizonyos cselekményeket közösen elkövető embereket (
) felelősségre kell vonni, és nem a hatalmi helyzet dönti el azt, hogy egyesek ezek közül vádlottakként, mások ezek közül bírákként szerepeljenek.” (Szilágyi a „bírák” kifejezést itt nem a bíróságra, hanem Kádárékra értette.)
Az elnök ekkor kijött a sodrából, és az asztalt csapkodva adta Szilágyi értésére, hogy semmi köze ahhoz, ki ellen miért, és ki ellen miért nem emeltek vádat. Másnap Szilágyi ismét felvetette Münnich Ferenc szerepét, ám Vida Ferenc ingerülten kioktatta: „Kérem, értse már meg, Münnich Ferenc és Kádár János a Magyar Szocialista Munkáspárt grémiuma előtt, a magyar törvényhozás előtt, a magyar nép előtt beszámolt arról, hogy mit tettek és mit nem tettek. A magyar törvényhozás, a magyar párt és a magyar nép helyeselte azt, amit tettek. Itt nem Kádár János és nem Münnich Ferenc bűnügyét tárgyaljuk, hanem az Ön bűnügyét.”